Por medio de Antonio de Borbón, Juana es ascendiente directo del rey Juan Carlos I de España,
Era una mujer de gran energía, un alma invencible a las adversidades. En 1566 creó un instituto protestante y su participación en la historia de Francia la convierten en una de las figuras más emblemáticas del protestantismo.
Fue una mujer de visión. Supo defender su estado y la fe de su pueblo, en un tiempo de guerras civiles de origen religioso, que la asediaron por todos lados. Estaba preocupada por otra salvación también, la de su alma.
Cuando fue llamada por Roma a volver a la disciplina del Papa, frente a las acusaciones de disturbios por sus predicadores, ella respondió: “Dicen que nuestros predicadores crean disturbios. Eso es precisamente lo que Acab dijo a Elías. Lea 1ª de Reyes capítulo 18… yo oro… para que usted pueda volverse a un verdadero arrepentimiento y al verdadero pastor y no a un asalariado”. Cuando las tropas hugonotes, en su celo, iban contra la iglesia católica, en su furia iconoclasta, la reina prometió a la iglesia el pago de los daños, y así lo hizo. Juana recibió la reputación por su actuación de ser de los pocos gobernantes del siglo XVI que nunca llevó a nadie a la pena de muerte por causa de su religión.
Es famoso su edicto de 1563 aboliendo el culto católico e introduciendo el culto protestante. Un segundo edicto real en 1566, está dividido en tres partes: un tercio dedicado a la educación de los jóvenes, otro tercio a la ayuda a los pobres y el final al apoyo del culto protestante. Respetó no obstante la práctica privada del culto católico, pero prohibió sus manifestaciones públicas y las procesiones.
Promocionó la libertad de conciencia despenalizando las diferencias religiosas, que tenían entonces penas de cárcel, excomunión y destierro. Sacó de las catedrales imágenes y crucifijos sólo donde los protestantes eran mayoritarios; en los lugares en que la población era mixta, se mantuvo un uso compartido de los lugares de culto. Convirtió los monasterios en escuelas anticipándose en tres siglos a las medidas adoptadas por los Gobiernos europeos.
El más conocido de sus apoyos al protestantismo fue la traducción del Nuevo Testamento al vasco, para lo que llamó a Juan de Lizarraga (1506-1601), nacido en Beraskoitze, Laburdi. Un sacerdote que en 1559 se convirtió al protestantismo, buscando entonces asilo en la Navarra de Juana de Albret. Se ha dicho que Lizárraga es al euskera como Shakespeare al inglés o San Jerónimo al latín. En la portada del Nuevo testamento aparece el escudo de la reina. El libro contiene una deicatoria a la reina en euskera y en francés
Llamó a todos los ministros a predicar y hacer oraciones en todos los lugares y plazas del reino prohibiendo a toda persona que se lo impidiera. Llamó también a los padres de familia a instruir en el Evangelio a sus familias.
Su deseo hubiera sido extirpar toda idolatría, pero esperaba que se conviertan y nunca obligó a nadie a acudir a los citados cultos protestantes, ni a la conversión, respetando la fe católica de su propio esposo, a pesar de las intrigas que ello le costó.
